新的学年开始，忍术学园的忍蛋们陆续回校，可是一年叶组的喜三太却因未完成作业迟迟不出现。原来上学期末全学园的暑假作业都搞错了，喜三太得到的是六年级的作业，其任务是偷出大间贺时城主的兜裆布。为了找回喜三太，园长命令雾丸、新兵卫以及其他年级几名未完成作业的忍蛋前往营救喜三太。另一方面，大间贺时正与邻近的黄昏城激战，乱太郎等叶组的小忍蛋自告奋勇前往这两座城池探听敌情。新的学年，忍术学园全员出动，却面临着巨大的危机……

　　本片根据尼子骚兵卫的原著漫画《落第忍者乱太郎》改编，为同名漫画的第2部剧场版动画，真人剧场版也在同年上映。