革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)和中尉阿基德(入野自由 配音)在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军(石冢运升 配音)的11区日本少年成濑幸也(松冈祯丞 配音)、佐山流(日野聪 配音)和香坂彩乃(日笠阳子 配音)招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度(松风雅也 配音)成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌…